受注会社へ支払金額確認依頼を行う前に、Meeepaで自動計算された支払金額を手動で変更することはできますか？

手動で変更することは可能です。
詳しくは、「発注会社利用ガイド」内の「Meeepa利用ガイド（2.受発注機能）_発注会社向け.pdf」に記載がありますので、ご確認ください。

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